GPIB didirikan pada 31 Oktober 1948 yang pada waktu itu bernama "De Protestantse Kerk in Westelijk Indonesie" berdasarkan Tata-Gereja dan Peraturan-Gereja yang dipersembahkan oleh proto-Sinode kepada Badan Pekerja Am (Algemene Moderamen) Gereja Protestan Indonesia.

Majelis Sinode "De Protestantse Kerk in Westelijk Indonesië" yang pertama pada waktu adalah:

* Ds. J.A. de Klerk (Ketua)
* Ds. B.A. Supit (Wakil Ketua)
* Ds. L.A. Snijders (Sekretaris I)
* Pnt. J.A. Huliselan (Sekretaris II)
* Pnt. E.E. Marthens (Bendahara)
* Pnt. E.A.P. Klein (Penasihat)
* Ds. D.F. Sahulata (Pendeta Bahasa Indonesia)
* Ds. J.H. Stegeman (Pendeta Bahasa Belanda)

Ketika pertama kali terbentuk, GPIB mempunyai TUJUH buah Klasis (kini disebut Mupel atau Musyawarah Pelayanan) dengan 53 jemaat yaitu:

1. Klasis Jabar meliputi 9 jemaat: Jakarta, Tanjung Priok, Jatinegara, Depok, Bogor, Cimahi, Bandung, Cirebon dan Sukabumi
2. Klasis Jateng meliputi 6 jemaat: Semarang, Magelang, Yogyakarta, Cilacap, Nusakambangan dan Surakarta
3. Klasis Jatim meliputi 12 jemaat: Madiun, Kediri, Madura, Surabaya, Mojokerto, Malang, Jember, Bondowoso, Banyuwangi, Singaraja, Denpasar dan Mataram
4. Klasis Sumatra meliputi 7 jemaat: Sabang, Kutaraja, Medan, Pematang Siantar, Padang, Telukbayur dan Palembang
5. Klasis Bangka & Riau meliputi 4 jemaat: Tanjung Pinang, Pangkal Pinang, Muntok dan Tanjungpandan
6. Klasis Kalimantan meliputi 8 jemaat: Singkawang, Pontianak, Banjarmasin, Samarinda, Balikpapan, Tarakan, Sanga-sanga dan Kotabaru
7. Klasis Sulawesi meliputi 7 jemaat: Makassar, Pare-pare, Watansopeng, Raha, Palopo, Bone dan Malino